Un perjuicio económico de S/ 639 mil 728 por cobros indebidos de las autoridades encargadas del rectorado de la Universidad Nacional Jorge Basadre Grohmann fue detectado por la Contraloría durante el 2020 y 2021.
El informe de control específico fue del 3 de noviembre del 2020 al 21 de setiembre del 2021 donde se dispusieron y aplicaron el pago por compensación económica del decreto supremo Nº 313-2019-EF a favor de rectores y vicerrectores encargados que no les correspondía al darse un exceso en el pago de contribución a EsSalud, su remuneración y aguinaldo.
Entre noviembre del 2020 a julio de 2021 recibieron un excedente el exrector (e) Tolomeo Soto Pérez que percibió S/ 141,249. El exvicerrector académico Martín Llapa Medina recibió S/ 127,125 y el exvicerrector de Investigación Manuel Velarde Herencia por S/ 127,125 tras autorizarse el desembolso por funcionarios de la universidad.
Entre abril del 2021 a julio del 2021 estuvo de rector (e) Edwin Pino Vargas quien cobró un excedente de S/ 113,161, como vicerrector Administrativo Tolomeo Soto cobró S/ 102,562 y el vicerrector de Investigación Jesús Medina Salas S/ 101,766 de exceso. En setiembre y agosto 2021 el exrector (e) Roberto Supo Hallasi recibió S/ 52,271 de exceso, la exvicerrector Académica Elma Cachicatari y el exvicerrector de Investigación Manuel Velarde fue S/ 46,938 cada uno.
Por autorizar el pago de compensaciones, el órgano de control encontró responsabilidad civil en los funcionarios de la casa de estudios Marcelino Manini Fuentes, Celestina Esquía Cahuana, Leonardo Ticona Gómez, Mario Salamanca García, Zanny Torrejón Plata y Danitza Bobadilla Quispe.
